Freie Universität Berlin

Tree file format conversion for the efficient

Today, I needed to convert a series of phylogenetic trees, which were stored in the common nexus format, into newick format. In order to do this efficiently, I wrote the following one-liner.

Change into a directory containing your nexus-formatted tree files, then enter in your bash shell:

R -e 'require(ape); for (f in list.files(path=".", pattern="*.trees")) {write.tree(read.nexus(f), paste(f, "phy", sep="."))}'

Der Beitrag wurde am Friday, den 4. September 2015 um 19:17 Uhr von Michael Grünstäudl veröffentlicht und wurde unter bioinformatics, one-liners abgelegt. Sie können die Kommentare zu diesem Eintrag durch den RSS 2.0 Feed verfolgen. Sie können einen Kommentar schreiben, oder einen Trackback auf Ihrer Seite einrichten.