Michael Grünstäudl (Gruenstaeudl), PhD

Postdoctoral Researcher at the Freie Universität Berlin

Alignment Nex2Phy few-liner

Alignment file format conversion for the efficient

Today, I needed to convert a series of alignments, which were stored in the common nexus format, into newick format. In order to do this efficiently, I wrote the following few-liner.

#!/usr/bin/env python2.7
import sys
from Bio import AlignIO
inFn = sys.argv[1]
inp = open(inFn, 'rU')
outp = open(inFn+'.phy', 'w')
aln = AlignIO.parse(inp, 'nexus')
AlignIO.write(aln, outp, 'phylip')
outp.close()
inp.close()

The above-code is very ordinary and great to have handy.

Der Beitrag wurde am Wednesday, den 8. February 2017 um 22:12 Uhr von Michael Grünstäudl veröffentlicht und wurde unter bioinformatics abgelegt. Sie können die Kommentare zu diesem Eintrag durch den RSS 2.0 Feed verfolgen. Sie können einen Kommentar schreiben, oder einen Trackback auf Ihrer Seite einrichten.

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