Michael Grünstäudl (Gruenstaeudl), PhD

Researcher at the Freie Universität Berlin

Quick info parsing from GenBank accessions

Taking the essence.

Have you ever found yourself browsing through individual sequence records of the NCBI GenBank database and wishing that you could extract only the metadata information of a record (e.g., authors, publication status, taxonomy), but not the feature table of a record or the sequence itself? With the help of Entrez Direct and awk this is easy.

Take, for example, two complete plastid genomes of Cabomba, which are saved as GenBank accessions MG720558 and MG720559. You can easily extract the metadata in Bash via the following command:

efetch -db nucleotide -format gb -id MG720558,MG720559 | 
awk '/FEATURES/{flag=1} /LOCUS/{flag=0} !flag'
Der Beitrag wurde am Donnerstag, den 1. November 2018 um 17:55 Uhr von Michael Grünstäudl veröffentlicht und wurde unter bioinformatics, one-liners abgelegt. Sie können die Kommentare zu diesem Eintrag durch den RSS 2.0 Feed verfolgen. Sie können einen Kommentar schreiben, oder einen Trackback auf Ihrer Seite einrichten.

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