Michael Grünstäudl (Gruenstaeudl), PhD

Researcher at the Freie Universität Berlin

Commandline search interface for ENA

Digging through ENA records.

By using the Python library enasearch, which provides a Python-based interaction with ENA’s API, commandline searches of the ENA databases have become a delight.

Take, for example, the aim to infer the number of individual accessions of the common plant DNA barcoding marker trnK-matK that have become available over the course of the year 2017. This very specific aim can be achieved via the following command:

enasearch search_data \
--query 'organelle=plastid \
AND (first_public>2017-01-01 AND first_public<2018-01-01) \
AND (description="*matK*" OR description="*maturase K*") \
AND (description="*trnK*" OR description="*tRNA-Lys*") \
AND tax_division=PLN AND topology=LINEAR' \
--result sequence_release --display report | wc -l

 

Der Beitrag wurde am Donnerstag, den 8. November 2018 um 18:54 Uhr von Michael Grünstäudl veröffentlicht und wurde unter Allgemein abgelegt. Sie können die Kommentare zu diesem Eintrag durch den RSS 2.0 Feed verfolgen. Sie können einen Kommentar schreiben, oder einen Trackback auf Ihrer Seite einrichten.

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