Alumnus of Freie Universität Berlin – Michael Grünstäudl, PhD

Successful habilitation in botany and bioinformatics

Trees Nex2Phy one-liner

Tree file format conversion for the efficient

Today, I needed to convert a series of phylogenetic trees, which were stored in the common nexus format, into newick format. In order to do this efficiently, I wrote the following one-liner.

Change into a directory containing your nexus-formatted tree files, then enter in your bash shell:

R -e 'require(ape); for (f in list.files(path=".", pattern="*.trees")) {write.tree(read.nexus(f), paste(f, "phy", sep="."))}'

 

Der Beitrag wurde am Friday, den 4. September 2015 um 19:17 Uhr von Michael Grünstäudl veröffentlicht und wurde unter bioinformatics, one-liners abgelegt. Sie können die Kommentare zu diesem Eintrag durch den RSS 2.0 Feed verfolgen. Sie können einen Kommentar schreiben, oder einen Trackback auf Ihrer Seite einrichten.

Eine Reaktion zu “Trees Nex2Phy one-liner”

  1. Tyya

    You’ve really imsrseped me with that answer!

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