Michael Grünstäudl (Gruenstaeudl), PhD

Researcher at the Freie Universität Berlin

One-liner: Interleaved to deinterleaved FASTA

Quick, de-interleave it!
There are one-liners that never get old. This is one of them.

$ perl -MBio::SeqIO -e 
'my $seqin = Bio::SeqIO->
 new(-fh => \*STDIN, -format => 'fasta');
 while (my $seq = $seqin-> next_seq)
 { print ">", $seq-> id, "\n", $seq-> seq, "\n"; }'
< interleaved.fasta > deinterleaved.fasta
Der Beitrag wurde am Montag, den 7. Mai 2018 um 20:56 Uhr von Michael Grünstäudl veröffentlicht und wurde unter bioinformatics, one-liners abgelegt. Sie können die Kommentare zu diesem Eintrag durch den RSS 2.0 Feed verfolgen. Sie können einen Kommentar schreiben, oder einen Trackback auf Ihrer Seite einrichten.

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